بیمارستان آیت الله خوانساری: راه اندازي اين  بيمارستان يكي از موضوعات حساس و پر چالش اين دوران بود. از يك طرف بحث خيريه بودن آن و از طرف ديگر عدم توانمندي ادارة آن توسط هيأت امناء و از سوي ديگر لزوم پرهيز از حضور بخش خصوصي و خصوصي سازي آن، باعث گرديد كه با اين موضوع با حساسيت بيشتري برخورد گردد. در مذاکرات و جلساتي با هيأت امناء بالاخره به اين نتيجه رسيده شد ... كه بحث واگذاري و ادارة آن توسط دانشگاه علوم پزشكي اراك در جلسه اي با حضور وزير محترم بهداشت، درمان و آموزش پزشكي، جناب آقاي دكتر پزشكيان به بحث گذاشته شود. به همين منظور در تاريخ 20/2/1384 در محل مجلس شوراي اسلامي و با حضور وزير و معاون مجلس وي و  اعضاي هيأت امناء به طرح موضوع پرداخته و شرايط بيمارستان و نحوة كار و پرداخت بدهيهاي قبلي و مسائلي از اين دست را مطرح و پس از بحثهاي مفصل طرفين، ماحصل جلسه امضاي صورتجلسه اي شد كه در آن مقرر گرديد بيمارستان به دانشگاه علوم پزشكي واگذار گردد و مفاد صورتجلسه طي مدت يك ماه عملياتي شده و به مرحلة اجرا درآيد. متأسفانه به دليل مخالفتهاي برخي از عناصر هيأت امناء بيمارستان و همچنين تعلل و كوتاهي رئيس وقت دانشگاه علوم پزشكي اراك و بي انگيزگي در اين راستا، به مفاد صورتجلسه عمل نگرديد. مجدداً با تشكيل دولت نهم و حضور وزیر جدید بهداشت و درمان جناب آقاي دكتر باقري لنكراني در اراك و در طي بازديد از بيمارستان و طي نشستي با حضور استاندار و اعضاي محترم هيأت امناء، مقرر گرديد اگر هيأت امناء،  بيمارستان را به دانشگاه واگذار كنند، دانشگاه نيز اقدام به راه اندازي آن نمايد. پس از اين نشست، متأسفانه برخي از اعضاي هيأت امناي بيمارستان تعلل نموده تا اينكه بالاخره اولاً موضوع در جلسة استاني هيأت دولت در اراك مطرح و يكي از وظايف وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي، راه اندازي اين بيمارستان اعلام و مصوب گرديد و ثانياً در تاريخ 31/4/1385 مجدداً جلسه اي در استانداري با حضور استاندار، اعضاي محترم هيأت امناء، رئيس وقت دانشگاه علوم پزشكي اراك و همكاران وي تشكيل و نهايتاً با امضاي صورتجلسه اي ديگر، بيمارستان بدون قيد و شرط و بطور كامل به دانشگاه علوم پزشكي اراك واگذار و مقرر گرديد از محل منابع مالی استانی تعمیرات اساسی بیمارستان و احداث بخشهای جدید از جمله بخش راديو تراپي انجام شود. از سوي ديگر، وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي  نيز حداقل 10 ميليارد ريال براي خرید دستگاه رادیوتراپی سرمايه گذاري نمايد. انشاءالله با راه اندازي  اين بيمارستان، بيماران سرطاني از رنج سفر به تهران و ساير شهرستانها رهايي يافته و اين بيمارستان در خدمت مردم شريف اراك و استان مركزي و استانهاي مجاور قرار گيرد.  با راه اندازي اين بيمارستان و بيمارستان 220 تخت خوابي اميرالمؤمنين(ع)، حدود 280 تخت بيمارستاني به مجموعه تختهاي بيمارستاني اراك اضافه شده و انشاءالله با احداث و بهره برداري از بيمارستان 320 تخت خوابي جديد ولي عصر(عج)، در آینده بيش از 600 تخت بيمارستاني نو و مجهز به تختهاي بيمارستاني اراك اضافه خواهد شد.